Engelli sağlık kurulu raporuna; engellinin kendisi, velisi, vasisi veya raporu isteyen kurum tarafından itiraz edilebilir.
İlgililer itiraz dilekçesi ve ilk engelli sağlık kurulu raporunun tasdikli bir örneği ile birlikte, bulunduğu ilin sağlık müdürlüğüne başvurur. İl sağlık müdürlüğünce, engelli sağlık kurulu raporu alacak kişi en yakın farklı bir engelli sağlık kurulu raporu vermeye yetkili hastaneye gönderilir. İtiraz edilen engelli sağlık kurulu raporu ile itiraz üzerine verilen engelli sağlık kurulu raporundaki kararlar aynı yönde ise engelli sağlık kurulu raporu kesinleşir.

Engelli sağlık kurulu raporlarının farklı olması durumunda, kişinin ikamet ettiği yere en yakın bir hakem hastaneye, kişi yeniden muayene edilmesi ve engelli sağlık kurulu raporu tanzim edilmesi amacıyla yine il sağlık müdürlüğü kanalıyla gönderilir. Hakem hastanenin engelli sağlık kurulunca verilen kararı kesindir.

Ayrıca vergi indirimi için Gelir İdaresi Başkanlığına intikal eden rapor sonuçlarına tekrar incelenmesi talebi ile müracaat edilebilir. Merkez Sağlık Kurulunun ilgili yönetmeliğin 10 uncu maddesine göre ödevlilerin itirazlarını inceleyerek; engellileri yeniden hastaneye sevk, haklarında ek rapor düzenletme ve hakem hastaneye sevk konularında yetkisi vardır.

31/07/2016 tarihli ve 29787 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanmış olan, “Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname” nin 106 ncı maddesi uyarınca Sağlık Bakanlığına devredilen askeri hastanelerce düzenlenen raporlar genel hükümlere göre işleme tabi tutulur.